Autoimunitné ochorenie je stav, pri ktorom imunitný systém reaguje neprimerane, teda je nadmerne aktívny a napáda niektoré bunky, funkcie vlastného tela. Medzi autoimunitné ochorenia môžeme zaradiť napríklad cukrovku, nešpecifické zápalové ochorenia čriev (ulcerózna kolitída, Crohnova choroba), Sklerózu multiplex, psoriázu, celiakiu a mnoho ďalších.